ホウエンリーグを制覇した少年ラルドとオダマキ博士の娘のエメルが持っていた図鑑がパワーアップした。それに伴い、彼らはアルトマーレに近いマーレ島という島に向かうことになった。そこで、彼らは新しい仲間と出会うと共に、奇妙なポケモンを使う人間と出会い、それはマーレ島に暗躍する謎の組織だった。
※ポケモンコロシアム及びポケモンXDのネタバレ要素を一部含みます。
| 序章 | 「プロローグ」 | 2005年11月7日 |
|---|---|---|
| 第1話 | 「友達登場」 | 2005年11月10日 |
| 第2話 | 「Rのマーク、Dのマーク」 | 2005年11月26日 |
| 第3話 | 「ロイヤルジムへの挑戦」 | 2005年11月28日 |
| 第4話 | 「ゴールドの実力」 | 2005年12月11日 |
| 第5話 | 「奇妙なポケモン」 | 2005年12月15日 |
| 第6話 | 「ユーラスタウン！一時休息」 | 2005年12月21日 |
| 第7話 | 「ロケット団との遭遇」 | 2005年12月26日 |
| 第8話 | 「アフトジムに挑戦！?前編?」 | 2006年1月5日 |
| 第9話 | 「アフトジムに挑戦！?後編?」 | 2006年1月5日 |
| 第10話 | 「奇妙なポケモンの真実」 | 2006年1月5日 |
| 第11話 | 「山を越えろ！」 | 2006年1月10日 |
| 第12話 | 「対決！ダークポケモン」 | 2006年1月14日 |
| 第13話 | 「ダークポケモンの脅威」 | 2006年1月18日 |
| 第14話 | 「ライメイの謎」 | 2006年1月26日 |
| 第15話 | 「サンダーの脅威」 | 2006年1月27日 |
| 第16話 | 「ラルドの行動」 | 2006年1月28日 |
| 第17話 | 「ラルドの無謀な賭け」 | 2006年2月1日 |
| 第18話 | 「Dのマークの意味」 | 2006年2月3日 |
| 第19話 | 「一人の少年」 | 2006年2月15日 |
| 第20話 | 「押し返せ！クレセントジム?前編?」 | 2006年2月23日 |
| 第21話 | 「押し返せ！クレセントジム?後編?」 | 2006年2月28日 |
| 第22話 | 「強風の謎」 | 2006年6月12日 |
| 第23話 | 「救出前夜」 | 2006年7月14日 |
| 第24話 | 「地底での襲来」 | 2006年7月25日 |
| 第25話 | 「ゴールドの救出」 | 2006年8月6日 |
| 第26話 | 「黒幕の影」 | 2006年9月5日 |
| 第27話 | 「水のエディジム」 | 2006年9月15日 |
| 第28話 | 「レオという少年」 | 2006年9月27日 |
| 第29話 | 「迷宮の謎と三つの力」 | 2006年10月5日 |
| 第30話 | 「氷の力、水の関門」 | 2006年10月25日 |
| 第31話 | 「ジムリーダー達の想い」 | 2006年11月5日 |
| 第32話 | 「迷宮への挑戦」 | 2006年11月20日 |
| 第33話 | 「急襲、アルドス」 | 2006年12月1日 |
| 第34話 | 「闇を統率する者」 | 2006年12月25日 |
| 第35話 | 「野望と絶望」 | 2007年2月15日 |
| 第36話 | 「迷宮の壁」 | 2007年2月15日 |
| 第37話 | 「はなればなれ」 | 2007年2月15日 |
| 第38話 | 「因縁」 | 2007年2月15日 |
| 第39話 | 「謎がつれてきた復活」 | 2007年2月15日 |
| 第40話 | 「八人のトレーナー」 | 2007年2月15日 |
| 第41話 | 「強敵！」 | 2007年2月15日 |
| 第42話 | 「終結と別れ」 | 2007年2月15日 |
| 第43話 | 「結末」 | 2007年2月15日 |
| 第44話 | 「ＶＳグッグル！ ?前編?」 | 2007年2月28日 |
| 第45話 | 「ＶＳグッグル！ ?後編?」 | 2007年2月28日 |
| 第46話 | 「赤のリッド」 | 2007年2月28日 |
| 第47話 | 「緑のヴェラ」 | 2007年2月28日 |
| 第48話 | 「青のキータ」 | 2007年2月28日 |
| 第49話 | 「白のメロディ」 | 2007年2月28日 |
| 第50話 | 「六対六のフルバトル！」 | 2007年2月28日 |
| 第51話 | 「切り札」 | 2007年2月28日 |
| 終章 | 「エピローグ」 | 2007年2月28日 |